"על המדען הראשי לשפר את סדרי המינהל של תקציבי המחקר והפיתוח (מו"פ)" - כך קובע מבקר המדינה, יוסף שפירא, וממליץ למדען הראשי בתמ"ת לבצע שורה ארוכה של שינויים.
המבקר חוזר על ביקורת קודמת על חוסר תיאום בין הגופים שמתפקידם לייעץ לממשלה בנושאי המו"פ. "כיום כל גוף קובע לעצמו את הקריטריונים והדרך שבה הוא מודד את החדשנות והמו"פ", קובע המבקר, "יש לחזק את שיתוף-הפעולה בין המולמו"פ והממשלה לצורך קביעת מדיניות לאומית למו"פ".
בביקורת מתייחס המדען גם לעיכובים באישורי המענקים לחברות, ומוצא כי 44% מהחברות שאמורות לקבל מענק "נאלצות להמתין פרק זמן ארוך מכפי שקובע נוהל המדען הראשי (3 וחצי חודשים)" בעקבות ביורוקרטיה.
המבקר קובע עוד כי ועדת המחקר של המדען לא מנהלת פרוטוקול מסודר עם השיקולים בעד ונגד אישור בקשות, וכי אינה רואה תמונה מלאה של הבקשות ולכן מאשרת לעיתים בקשות עם ציון נמוך על חשבון תוכניות בעלות ציון גבוה יותר.