במסגרת רפורמת ועדת קפוטא-מצא, שאושרה ביום 25.7.05 בכנסת, נכלל פרק הנוגע למיסוי נאמנויות. בטרם הרפורמה, היה נושא מיסוי הנאמנויות אחד הנושאים המעורפלים ביותר, והשנויים במחלוקת, בקרב אנשי המקצוע. חוסר הבהירות הביא, בין השאר, לביצוע תכנוני מס רבים, המתבססים על החזקת נכסים בידי נאמנויות. ועדת קפוטא-מצא החליטה להסדיר את נושא מיסוי הנאמנויות, בהתאם להמלצות ועדה קודמת שמונתה לטיפול בנושא (ועדת ישראלי), אך בכפוף למספר שינויים.
על מנת להיטיב להסביר את נושא מיסוי הנאמנויות, נתייחס ראשית למספר מונחים רלוונטיים לדיון: מוסד הנאמנות הוא מוסד משפטי, בו נפרד אדם (המכונה "יוצר הנאמנות") מבעלות בנכס שלו, ומקנה אותה לידי אדם ("הנאמן"), על מנת שהלה ינהל את הנכס עבור צד שלישי ("הנהנה"). בתקופת קיומה של הנאמנות, הנאמן הוא הבעלים הפורמלי-משפטי של הנכס, אולם הוא מחוייב לטפל בו בהתאם להוראות שניתנו ב"כתב הנאמנות" - המסמך בו הוקמה הנאמנות.
מבנה זה של הנאמנות, בו מועברת הבעלות בנכס מיוצר הנאמנות לנאמן, ולכאורה הנאמן הוא זה שמפיק את הפירות מן הנכס ומחלק אותם או את הנכס לנהנה, מחייב טיפול מיסויי בשלושה מישורים:
1. הקניית הנכס מן היוצר לנאמן - מהווה לכאורה אירוע מס במסגרתו מוכר יוצר הנאמנות את הנכס (שכן הוא נפרד מן הבעלות המשפטית בו); 2. הפקת פירות הנכס - לכאורה חייבת במס אצל הנאמן, שכן הוא בעל הנכס שהועבר לנאמנות; 3. העברת נכסי הנאמנות לנהנה - עשוי לכאורה להוות אירוע מס בידי הנהנה. נדון בשאלות אלו בקצרה לפי סדרן, שכן רוחב היריעה אינו מאפשר דיון מקיף. הדיון בתוצאות המס יתייחס ל"נאמנות תושבי ישראל", היינו, נאמנות שבמועד יצירתה היו לה לפחות יוצר אחד ונהנה אחד שהם תושבי ישראל, ובשנת המס הרלוונטית, לגביה נבחנות תוצאות המס, היה בה לפחות יוצר אחד או נהנה אחד שהוא תושב ישראל.
השאלה הראשונה היא, האם העברת הנכס מיוצר הנאמנות לנאמן, מהווה אירוע מס, היינו, האם רואים את היוצר כאילו מכר את הנכס. לעניין זה קבעה הוועדה, כי כאשר מדובר בנאמנות תושבי ישראל, העברת נכס לנאמנות על ידי יחיד, שנעשתה ללא תמורה, לא תחוייב במס לפי חלק ה' לפקודת מס הכנסה.
השאלה השנייה היא, כיצד ייעשה מיסוי הפקת ההכנסה מן הנכס שהועבר לנאמנות. למשל: במקרים בהם הועבר לנאמנות נכס, והנאמן משכיר אותו ומפיק ממנו דמי שכירות. האם יש להטיל מס על פירות הנכס (דמי השכירות), בהתאם לנתוני המס של היוצר (בעל הנכס מן הבחינה הכלכלית), של הנאמן (בעל הנכס מן הבחינה המשפטית), או של הנהנה (שיהיה זכאי ליהנות בעתיד מפירות הנכס, כאשר יחולקו לידו נכסי הנאמנות)?
ועדת קפוטא-מצא קובעת, כי בר השומה (היינו האדם לו מוצאת השומה) בגין הרווחים המופקים מן הנכסים בתקופה בה הם נמצאים בנאמנות, הוא הנאמן, והוא גם החייב במס. אולם, חבותו במס של הנאמן נקבעת בהתאם לנתוני המס של היוצר, היינו, כאילו היוצר הוא בעל הנכס וכאילו הוא הפיק את פירות הנכס, בכפוף לסייג על פטור שמוגבל בתקרה.
על הכנסות הנאמנות יחול שיעור המס המירבי החל על הכנסתו של יחיד, אלא אם כן מדובר בהכנסה שנקבע לגביה שיעור מס מופחת, כגון הכנסת דיבידנד או ריבית, אז יחול שיעור המס המופחת. במקרים בהם מדובר בנאמנות תושבי ישראל, שבה יוצר אחד בלבד שהוא תושב ישראל, והיא נאמנות הדירה (היינו נאמנות שבה, לאחר מסירת כתב הנאמנות לנאמן, נותר ליוצר כוח להשפיע על פעולות הנאמנות,על פי קריטריונים שנקבעו בפקודת מס הכנסה במסגרת הרפורמה), יכולים הנאמן והיוצר, בהודעה משותפת לפקיד השומה, לקבוע, כי בר השומה ובר החיוב במס יהיה היוצר (ולא הנאמן).
העברת נכסי הנאמנות או פירותיהם לנהנה, בנאמנות תושבי ישראל, תהיה חייבת במס או פטורה ממס, לפי העניין, כפי שהייתה לו היה הנכס מועבר ישירות מיוצר הנאמנות לנהנה. כאשר היו בנאמנות מספר יוצרים, והעברת הנכס מאחד מהם לנהנה הייתה מחוייבת במס, תהיה ההעברה כולה חייבת במס.
ההתייחסות המפורטת לנושא מיסוי הנאמנויות, במסגרת רפורמת קפוטא-מצא, הינה רחבה ביותר. יחד עם זאת, נותרה נקודה של אי בהירות בכל הנוגע להעברת נכסי מקרקעין לנאמנות. הוראות מיסוי הנאמנויות שנקבעו ברפורמה קובעות, כי העברת נכס לנאמנות תהיה פטורה ממס לפי הוראות חלק ה' לפקודת מס הכנסה. יחד עם זאת, לא נקבע כי יהיה פטור דומה על העברת נכס מקרקעין.
בהעדר התייחסות בפקודת מס הכנסה למיסוי העברת נכסי מקרקעין, ניתן להסיק, כי על העברת נכסי מקרקעין לנאמנות ממשיכות לחול הוראותיו של חוק מיסוי מקרקעין (שבח, מכירה ורכישה) התשכ"ג-1963. הוראות אלו קובעות כי, כעיקרון, כאשר מדובר בנאמנות אמיתית, שהתקיימו לגביה הדרישות שבחוק, יצירת הנאמנות והעברת הנכס מהנאמן לנהנה אינם אירוע מס. ברם, הוראות אלו רחוקות מלהשביע את הדעת, ועשויות שלא להתאים לנושא, שכן הוראות הנאמנות בחוק מיסוי מקרקעין לא נועדו להעברת מקרקעין לנאמנות, אלא תואמות יותר ביצוע פעולות במקרקעין באמצעות שליח.
במסגרת ועדת ישראלי, שניסתה להסדיר את נושא מיסוי הנאמנויות קודם לוועדת קפוטא-מצא, כללו ההמלצות התייחסות מפורשת לנושא העברת נכסי מקרקעין, וכן שינויים מחוייבי המציאות בחוק מיסוי מקרקעין. לעומת זאת, במסגרת הרפורמה לא כוללות ההוראות העוסקות במיסוי נאמנויות שינויים בחוק מיסוי מקרקעין, מה שעלול להוביל לעיוותי מס שונים. נראה, כי ראוי היה שהמחוקק ייתן דעתו על כך, ויפעל לשינוי המצב ולהבהרת נושא העברת נכסי מקרקעין לנאמנויות.