אשר אדם רכש מניות באיגוד מקרקעין לאחר יום 12/4/2005 (מועד כניסתו לתוקף של תיקון 55 לחוק), והאיגוד רכש את המקרקעין שבבעלותו לפני יום 1/4/1998, עלולה להיגרם תקלת מס באופן שבמכירת הקרקע על-ידי אותו אדם, לאחר שהתקבלה אצלו אגב פירוק האיגוד, הוא לא יוכל לנכות את עלות רכישת מניותיו באיגוד.
סעיף 31(א) לחוק קובע כי בנסיבות המתוארות לעיל יהיה רשאי המוכר לנכות רק את המחיר המקורי של הקרקע שנרכשה על ידי האיגוד, אך לא את עלות רכישת מניותיו באיגוד. כמו כן, בנסיבות האמורות לא יחול רווח נוסף שלילי, וזאת משום שסעיף 71א לא חל על איגוד שרכש את המקרקעין לפני יום 1/4/1998. נציין כי בדרך כלל הפתרון יהיה במסגרת סעיף 71א המאפשר לבעל המניות לקזז הפסד הון שנוצר לו בשל רכישת מניותיו כנגד השבח ממכירת מקרקעי האיגוד לאחר פירוקו.
"חברת בית"
לאור האמור בהחלטת מיסוי מס' 49/08, יתכן וניתן למצוא פתרון חלקי לבעיה הנ"ל אם ניתן יהיה לראות באיגוד המקרקעין "חברת בית" כמשמעותה בסעיף 64 לפקודת מס הכנסה, כמוסבר להלן.
בשלב הראשון, יש להפוך את האיגוד ל"חברת בית" תוך ניצול יתרון המס הנובע מהיות חברת הבית "שקופה" לצורכי מס, כך שהכנסות החברה ייוחסו לבעלי מניותיה ויחולו עליהן שיעורי המס החלים על יחיד.
מכירה לצד ג'
בשלב השני, האיגוד ימכור את המקרקעין שבבעלותו לצד שלישי והשבח מהמכירה ייוחס לבעלי המניות מאחר שמדובר באיגוד המהווה "חברת בית".
בשלב השלישי, האיגוד יתפרק באותה שנת מס בה בוצעה מכירת המקרקעין כך שבהתאם להוראת סעיף 93 לפקודה ייווצר לבעלי המניות הפסד הון בגין המכירה הרעיונית של מניותיהם לאיגוד אגב פירוקו. לפי סעיף 92 לפקודה ניתן יהיה לקזז את הפסד ההון (שמקורו בעלות רכישת המניות) כנגד השבח ממכירת המקרקעין (הגם שחלקו של שבח זה נצמח בגין תקופה שקדמה למועד רכישת המניות).
יודגש כי ללא הפיכתו של האיגוד לחברת בית לא ניתן יהיה לייחס לבעלי המניות הן את השבח ממכירת המקרקעין והן את הפסד ההון בגין המניות כתוצאה מפירוק האיגוד, באופן המאפשר את קיזוזם האחד כנגד השני באותה שנת מס.
עם זאת, הפתרון לעיל נותן רק מענה חלקי לבעיה של הכרה בעלות המניות המתעוררת כאשר לא חל הרווח הנוסף השלילי, שכן לא כל איגוד מקרקעין עונה בהכרח להגדרה של "חברת בית" לפי סעיף 64 לפקודה.