חברת רכבת ישראל מפסידה כסף ברציפות מאז 2003, וההפסד הנקי המשיך לגדול והגיע ב-2010 לכ-165 מיליון שקל. משרד הביטחון הוא הלקוח העיקרי של הרכבת, והאחראי לכ-21% מהכנסותיה.
הסובסידיה של המדינה לרכבת בגין 36 מיליון נוסעיה דווקא גדלה והגיעה לכ-377 מיליון שקל. הדוחות חושפים מחלוקת בין הרכבת לבין המדינה בדבר תשלום מסים עבור הסובסידיה לפיתוח הרכבת.
הכנסות הרכבת מהסעת נוסעים דווקא עלו בכ-5.6% ב-2010 לעומת 2009 לרמה של כ-550 מיליון שקל, בגלל עלייה בתעריפי הנסיעה במהלך השנה. גם הכנסות הרכבת מהובלת מטענים גדלו בכ-23% והגיעו לרמה של כ-127 מיליון שקל. זאת, בעקבות ההתאוששות של המשק, שהחלה ב-2010 אחרי ההאטה החריפה ב-2009 כתוצאה מהמשבר הכלכלי העולמי.