בית המשפט המחוזי בירושלים בשבתו כבית המשפט לעניינים מינהליים דחה הבוקר (ה') את עתירת ארגוני זכויות אדם נגד החלטת שר הפנים, אלי ישי, להפסיק את מדיניות ה"הגנה הקולקטיבית" על נתיני דרום סודן השוהים בישראל.
במשך מספר שנים הנהיג שר הפנים מדיניות של "הגנה זמנית" או "הגנה קולבטיבית" על נתיני דרום סודן ששהו בישראל. מכוח מדיניות זו לא הורחקו אותם סודנים אך גם לא התברר עניינם באופן פרטני, לרבות טענות למעמד של פליטים מכוח אמנת הפליטים. אותם הנתינים קיבלו אשרות מכוח חוק הכניסה לישראל.
בחודש ינואר הודיע שר הפנים על שינוי המדיניות ולמעשה על ביטולה במובן זה של נקיטת פעולות אכיפה נגד שוהים בלתי חוקיים מדרום סודן שלא יעזבו מרצונם.
בעקבות זאת הוגשה לבית המשפט לעניינים מינהליים בירושלים עתירה בה נטען שהחלטת שר הפנים אינה סבירה ואינה מידתית ודינה להתבטל. הטענה המרכזית של העותרים - ארגוני זכויות אדם - הייתה, שהמצב בדרום סודן הוא מצב של לחימה ופגיעה באזרחים כמו גם עוני, היעדר טיפול רפואי ועוד. מצב זה לא השתנה מהותית לאחר ההכרזה על עצמאות דרום סודן שמשנת 2011.
בפסק דין ציין השופט יגאל מרז כי לשר הפנים שיקול דעת רחב בכל הקשור בהסדרת הכניסה לישראל והשהייה בה. שיקול דעת רחב זה מגודר עם זאת בין היתר בהתחייבויות בינלאומיות של מדינת ישראל ובפסיקת בית המשפט העליון. ההתחייבויות הבינלאומיות כוללות בין היתר את אמנת הפליטים. פסיקת בית המשפט העליון בפרשה המוכרת כפרשת אל טאיי משנת 1994, מחייבת בנוסף להימנע מלהרחיק אדם למדינת מוצאו אם נשקפת לו סכנה לחייו או לחירותו.
השופט הבהיר בפסק הדין, שהעתירה אינה עוסקת במישור ההגנה של דיני הפליטים וכי בקשות פרטניות למעמד פליט (כמאה במספר) הוגשו והן נבחנות בנפרד על ידי המשיב. המחלוקת בין הצדדים הייתה בשאלה על כן בעניין מרכזי אחד: בשאלה אם להמשיך במדיניות "ההגנה הקולקטיבית". בכך פסק בין המשפט שאין עילה להתערב בהחלטת שר הפנים להפסיק מדיניות זו.
מסקנת בית המשפט התבססה על שני טעמים: הטעם האחד היה שהעותרים לא ביססו את הטענה לפיה שר הפנים חייב להמשיך במדיניות "ההגנה הקולקטיבית" דווקא. המדיניות שנהגה במהלך השנים היתה כזו לפיה לא נבדק באופן פרטני עניינו של כל מבקש הגנה וכל נתיני דרום סודן זכו להגנה מפני הרחקה. לכן ביקשו העותרים לכל הפחות שתימשך מדיניות זו. אולם משעה שהמשיב הודיע שיבוצעו בדיקות פרטניות, קבע בית המשפט שנשמט הבסיס העובדתי והמשפטי לעצם הטענה שבעתירה.
הטעם השני והמרכזי של בית המשפט בדחיית העתירה היה דחיית עמדת העותרים לפיה החלטת שר הפנים התקבלה על יסוד תשתית עובדתית לא עדכנית ושגויה. בית המשפט קבע שחוות דעת משרד החוץ היא מקצועית ומפורטת ושמכוח עיקרון משפטי מוכר, אין כעיקרון מקום להעדיף את חוות הדעת של העותרים על פני עמדתה המקצועית של המדינה.
לפי חוות דעת זו של משרד החוץ, יש אמנם אזורי סיכון בדרום סודן אולם לא בכל המדינה זה הוא המצב. גם נציבות האו"ם לפליטים לא טענה שהמצב העובדתי שונה מעמדת המדינה. על יסוד זה, ונימוקים נוספים, קבע בית המשפט שהבסיס העובדתי לעמדת שר הפנים היה סביר ולכן אין עילה להתערב בהחלטתו להפסיק את מדיניות "ההגנה הקולקטיבית" שנהגה עד כה כלפי נתיני דרום סודן.
הארגונים העותרים הביעו צער על החלטת בית המשפט ומסרו בתגובה כי "אנו חוששים לשלומם וביטחונם של המגורשים ובמיוחד לשלום הילדים העומדים להישלח למקום מסוכן". לדברי העותרים, "הקהילה הדרום-סודנית, קהילה אוהדת ישראל, נאבקה בחודשים האחרונים באמצעים חוקיים להגן על עצמה והיום היא מבקשת כי רשות הגירה תאפשר את היערכותה לעזיבתם של בני הקהילה בצורה מכובדת ולא כפושעים. אנו דורשים כי המדינה תעמוד בהתחייבותה אשר עוגנה בפסק הדין לאפשר לחברי הקהילה להגיש בקשות מקלט פרטניות וכי תבדוק בקשות אלו באופן הוגן וראוי. היום, לא נותר לנו אלא לקוות כי המצב בדרום סודן יישתפר ויתייצב בחודשים הקרובים כך שההחלטה על הגירוש לא תעלה במחיר כבד של חיי אדם".