בג"ץ הורה לשר הפנים גדעון סער לנמק בתוך 4 חודשים מדוע היישוב באר יעקב עדיין מוגדר "עיר עולים", עובדה המבטלת לבתי החולים הממשלתיים ביישוב הנחות בארנונה. את ההחלטה נתן בג"ץ בעקבות עתירה שהגישו בתי החולים אסף הרופא, המרכז לבריאות הנפש ובית החולים הגריאטרי הפועלים בתחומי היישוב, נגד שר הפנים, שר האוצר והמועצה המקומית באר יעקב, בדרישה לבטל את ההכרזה על באר יעקב כ"עיר עולים".
כזכור ב-1955 הוכרזו כמה יישובים בישראל שהתאפיינו בקליטת מסות של עולים בשנות ה-50, ובהם באר יעקב, כ"ערי עולים". עד שנה זו, ועל פי חוק, מוסדות מדינה היו פטורים מתשלום ארנונה, ומ-1955 הפטור בוטל, ומוסדות מדינה הפועלים בתחומן של "ערי עולים" מחויבים בתשלום של 100% ארנונה לרשות המקומית. ב-1998, בתיקון חקיקה, נקבע כי נכסי המדינה המשמשים בתי חולים ישלמו ארנונה כללית בגובה 45% מגובה הארנונה הכללית.
בתי החולים בתחומה של באר יעקב, המוגדרת "עיר עולים", מחויבים בתשלום ארנונה של 100% למועצה המקומית באר יעקב, במקום 45% שמשלמים בתי חולים ממשלתיים ביישובים אחרים שאינם "ערי עולים", על אף שזה שנים רבות כבר פסקה באר יעקב להיות "עיר עולים".
בעתירה שהגישו בתי החולים הממשלתיים באמצעות עו"ד דפנה פישר ורפאל יולזרי ממשרד גדעון פישר, הם טוענים כי יש לבטל את הכרזתה של באר יעקב כ"עיר עולים" כיוון שבאר יעקב אינה עוד יישוב המאכלס בעיקר עולים חדשים, וזה שנים שהיא אינה קולטת עולים. לטענתם, בניגוד למצב ששרר בבאר יעקב בשנות ה-50 בעת שהוכרזה כ"עיר עולים", בשנים האחרונות היא הפכה לפנינת נדל"ן ובשנים הקרובות אלפי משפחות חדשות צפויות להתגורר בה. זאת בין היתר בשל פיתוח כביש 431 ופתיחת תחנת רכבת ביישוב, שקיצרו את זמן הנסיעה מבאר יעקב לתל אביב ל-12 דקות.
בתי החולים מציינים בעתירה כי גם מבקר המדינה התייחס בדוח מ-2005 לסוגיה ומצא כי "חלק ניכר מהרשויות המקומיות שהוכרזו יישובי עולים אינן מצויות במצב כלכלי דחוק, ואין בתחומן יותר עולים יחסית לרשויות מקומיות אחרות בארץ". עוד נכתב בדוח כי "משרד הפנים לא בחן מחדש את הסטטוס של ערים ויישובים שהוכרזו יישובי עולים לאור שינויים שחלו במצבן התקציבי ובמאפיינים הדמוגרפיים שלהם". לטענת בתיה"ח, בין 2006-2010 שילמו ארנונה בגובה 100% למועצה המקומית באר יעקב שהסתכמה ב-55 מיליון שקל. לטענתם תשלומי היתר שמשלמים בתי החולים מסתכמים ביותר מ-30 מיליון שקל.
עוד טוענים בעתירה לאפליה לעומת בתי חולים ממשלתיים אחרים: "שיבא בתל השומר נמצא בתחום המוניציפלי של ר"ג והוא נהנה מפטור של 55% מהארנונה, היות שר"ג אינה עיר עולים, בעוד העותרים משלמים 100% רק כי שר הפנים לא דאג לבחון במשך 55 השנים שחלפו מאז ההכרזה מתי פסקה באר יעקב להיות עיר עולים והשאיר את המצב ללא שינוי".
יש לציין כי ביטול ההגדרה עשוי לחול גם על ערים נוספות שמוגדרות "ערי עולים".