בעת האחרונה ניתנו מספר פסקי דין שעסקו בסיווג חברות כאיגודי מקרקעין. לסיווג כאיגוד מקרקעין ישנה השלכה ישירה על החבות במס שבח ובמס רכישה אך ישנה השלכה נוספת ביחס לחבות במע"מ במכירת המניות באיגוד. בחוק מע"מ הוחרגו מניות של חברה רגילה מהגדרת "נכס" ולכן מכירתן אינה חייבת במע"מ.
לעומת זאת, החוק קובע מפורשות כי מניות של איגודי מקרקעין נחשבות כ"מקרקעין" לצורך החוק וממילא כ"נכס" עליו חל חוק מע"מ. אולם, בניגוד לדעה הרווחת, עצם העובדה כי מניות באיגודי מקרקעין מוגדרות כנכס לצורך החוק אין בה כדי להוביל למסקנה כי מכירת מניות באיגודי מקרקעין בהכרח חייבת במע"מ. על מנת שעסקה ספציפית תהיה מחויבת במע"מ נדרש כי תתקיים אחת מהגדרות "עסקה" הקבועות בחוק. החלופה הראשונה והעיקרית להגדרת עסקה הינה "מכירת נכס או מתן שירות בידי עוסק במהלך עסקו, לרבות מכירת ציוד".
ביחס לאיגודי מקרקעין מתקיים התנאי של "מכירת נכס", אולם עדיין יש לבחון האם מכירת הנכס הינה במהלך העסקים של העוסק. לצורך שאלה זו יש לבחון את העסקה הספציפית בהתאם למבחנים שנקבעו בפסיקה לבחינת קיומו של "עסק" כדוגמת טיב הנכס, תדירות העסקאות, משך זמן ההחזקה בנכס, מומחיות ובקיאות המוכר ועוד. רק כאשר מאפייני העסקה מובילים למסקנה כי מדובר בעסקה המבוצעת ע"י "עוסק במהלך עסקו" תהיה העסקה חייבת במע"מ.
בהתאם לכך, כשם שאדם המוכר דירה, קרקע או כל נכס מקרקעין אחר לא בהכרח יחויב במע"מ כך גם המוכר מניות באיגוד מקרקעין לא בהכרח יחויב במע"מ ויש לבחון בדקדקנות את שאר מאפייני העסקה ואת זהות המוכר. נוסיף ונציין כי מלבד בחינת החלופה הראשונה להגדרת עסקה יש לבחון האם בנסיבות העניין מתקיימת החלופה השלישית להגדרת "עסקה" שהינה "עסקת אקראי" על חלופותיה השונות.