יוסף שפירא ופרופ' מיגל דויטש / צילום: איל יצהר
בשנים שבהן שימש כמבקר המדינה, זכה מיכה לינדנשטראוס לביקורת שגרסה כי הוא חוטא לעתים בפופוליזם ובוחר לטפל בנושאים שבכותרות העיתונים, במקום בבעיות עומק של החברה הישראלית.
אחד משיאי הביקורת על לינדנשטראוס התגלה סביב דוח הבדיקה של אסון השריפה בכרמל, אשר פורסם על-ידו ביוני 2012. לינדנשטראוס הטיל אז את האחריות לאסון, בין היתר, על שר הפנים דאז, אלי ישי, ועל שר האוצר באותה תקופה, יובל שטייניץ, וזכה בתגובה זועמת של השרים ושל חלק מהציבור. עם זאת, שטייניץ וישי המשיכו לכהן בתפקידיהם הבכירים כרגיל גם לאחר פרסום הדוח הקשה.
ב-4 ביולי 2012 נכנס השופט המחוזי לשעבר, יוסף שפירא, בנעליו של לינדנשטראוס והחליף אותו בתפקיד מבקר המדינה.
את עבודתו של שפירא עוד מוקדם לסכם, אבל כבר ניתן לומר כי עד היום, לעומת קודמו, הוא לא מיהר לעסוק דווקא בנושאים שבראש כותרות העיתונים. אם נמתחה עד כה ביקורת על עבודתו של שפירא, היא הייתה הפוכה מזו שנמתחה על לינדנשטראוס. כך למשל, שפירא בוקר על-ידי חלק מכלי התקשורת על כך שהוא חלש מדי ונמנע מלטפל בנושאים הכבדים באמת.
המצב הזה השתנה לאחרונה, כאשר שפירא החליט לבדוק את התנהלות הדרג הצבאי והדרג המדיני במהלך מבצע "צוק איתן" ברצועת עזה ולאחריו.
על רקע ביקורות מקיפות שנערכו בשנים האחרונות סביב מבצעים צבאיים שניהלה ישראל, מבצע "עופרת יצוקה", ההשתלטות על אוניית המרמרה וכן מלחמת לבנון השנייה, שפירא יבדוק את טיב תהליכי קבלת ההחלטות בדרג המדיני והצבאי במהלך "צוק איתן". זאת, בין היתר, בראי המשפט הבינלאומי. בנוסף יבחן המבקר את עבודת מנגנוני החקירה של צה"ל והממשלה.
לצורך הבדיקה שכר מבקר המדינה את שירותיהם של 3 מומחים ידועי-שם - פרופ' מייקל ניוטון, מומחה למשפט בינלאומי הומניטארי מאוניברסיטת ונדרבילט בארצות-הברית; פרופ' משה הלברטל, מומחה למוסר ולאתיקה; וכן את פרופ' מיגל דויטש, שחיבר את דוח "ועדת טירקל" לבדיקת אירועי משט המרמרה.
דויטש הוא בין היתר מרצה לקניין ולחוזים באוניברסיטת תל-אביב, ומשמש כיועץ למשרד עורכי הדין מיתר-ליקוורניק-גבע-לשם וכשופט בבית הדין העליון של ההתאחדות לכדורגל.
בראיון שנתן דויטש ל"גלובס" ב-30 ביולי 2014, בעת שמבצע "צוק איתן" היה בעיצומו, הוא הביע את דעתו כי ישראל פועלת בהתאם לדין הבינלאומי. "כל אזרח רואה היטב בימים אלה שיש זהירות עצומה בהתנהלות הצבא והמדינה במבצע 'צוק איתן', בכל הנוגע לזכויותיהם של אזרחים לפי ראי המשפט הבינלאומי. כללית, הלחימה מתנהלת בתוך גבולות המותר בעליל במשפט הבינלאומי, וזה ניכר באופן ההתנהלות".