מנהרות הכרמל / צילום: אלבטרוס
בשנת 2010, בעקבות החלטת ממשלה, מינו שר האוצר דאז יובל שטייניץ, ושר התחבורה ישראל כ"ץ, את החברה הממשלתית חוצה ישראל לממונה על שני פרויקטים: מנהרות הכרמל בחיפה והנתיב המהיר לתל-אביב. הפיקוח החל בזמן הפעלת הפרויקטים, מנהרות הכרמל בדצמבר 2010 והנתיב המהיר חודש לאחר מכן, בינואר 2011.
המבקר מציין כי מינוי חברת חוצה ישראל נעשה באיחור, וכי לא היה גורם ממשלתי לפיקוח מקיף על הפרויקטים בשלבי הייזום, התכנון, הביצוע וההרצה. היעדר הליווי גרם נזקים קשים, קובע הדוח, וכך, למשל, נאלצה הממשלה לחתום על שישה הסכמי המשך עם חברת שפיר שביצעה את הנתיב המהיר, שניים מהם לדחיית מתן תעודת הגמר וארבעה לפיצוי כספי מצד המדינה, בסך כולל של 101.4 מיליון שקל. המבקר סבור כי ההסכמים הנוספים מעידים על ליקויים מהותיים במסמכי המכרז של הנתיב המהיר.
בנוגע לליווי הפרויקטים מאזכר המבקר דוח של החשב הכללי באוצר מנובמבר 2014, העוסק באחד מהסכמי הפיצוי לשפיר. על-פי הדוח, "כיוון שהשתנו המלווים של פרויקט הנתיב המהיר, לא נאספו ולא תועדו באופן מלא מידע וידע בידי הרשות הממונה והיועצים ההנדסיים והמשפטיים שליוו את התהליך לא היו האסמכתאות הנדרשות, ובהן אסמכתאות הנוגעות לתכתובות בין הגורמים מטעם המדינה ובין הזכיין. זאת לעומת הזכיין, שתיעד היטב את ההתכתבויות וביסס את תביעותיו באמצעות האסמכתאות".
מהבדיקה עלה כי חוצה ישראל מקבלת פניות ציבור על הפרויקטים, אך אינה מפרסמת דוחות תקופתיים שמהם ניתן ללמוד על היקף התלונות והנושאים הדורשים טיפול ועל רמת השירות הניתנת. המבקר קובע כי על-פי כללי המינהל התקין יש להכין דוח תקופתי כזה. החברה השיבה כי היא השלימה לאחרונה הקמת מערכת ממוחשבת לריכוז פניות הציבור, וכי מעתה ניתן יהיה להפיק את הדוחות.