ברפורמה במס הכנסה, על פי תיקון 132 לפקודה מאוגוסט 2002, תוקנו גם סעיפי הפטור בר-ארגון חברות (חלק ה'3), ובין השאר נקבעו פטורים בנושאים שונים של מיסוי מקרקעין, כמו בהעברת נכס לחברה בתמורה ל-90% ממניותיה. במסגרת הפטורים הללו נקבע גם, כי העברת נכס מקרקעין לחברה יכול שיהיה פטור ממס שבח, אם למעביר 90% זכויות בחברה. זאת, בניגוד לפטור על פי סעיף 70 לחוק מיסוי מקרקעין, שם הוא נדרש להיות בעל 100% בזכויות בקרקע ובחברה גם יחד.
מס הרכישה בהעברת נכס מקרקעין לחברה על פי סעיף הפטור בר-ארגון (104א), יכול שיהיה 0.5%, בעוד מס רכישה לפי סעיף 70 לחוק מיסוי מקרקעין הינו 5% (פי 10 יותר תשלום מס רכישה). יש פטור ממס מכירה בשני המקרים, כך שהיבט זה לא מהווה הבדל מהותי בין שני החוקים. לפי פקודת מס הכנסה (לפי סעיף 104א), ניתן להעביר גם זכות באיגוד מקרקעין, בעוד שלפי סעיף 70 לחוק מיסוי מקרקעין ניתן להעביר רק זכות במקרקעין ולא זכות באיגוד מקרקעין. העברת זכות באיגוד מקרקעין על פי סעיף 70 תתחייב במס שבח מלא.
עד לתיקון 132 היה ניתן להעביר גם זכויות משנה בנכס (חכירה, חזקה, זיקת הנאה, שיעבוד) בפטור ממס לפי סעיף 104א, כיום עם התיקון המפורש המוצע בנושא, נדרש המעביר להעביר את כל זכויותיו בנכס, ותכנון המס הנדון לעיל לכאורה בא לקיצו. אך לא כן!
לפי פסיקה של ועדת ערר במס שבח ת"א (ע. זמיר, יו"ר, צ.פרידמן, ד.מרגליות), ניתן להעביר לחברה ג' בעלות, בכפוף לזכות חזקה ל-50 שנים שניתנה לחברה ב'. או אז במקרה הנדון יכול בעל קרקע למכור את הבעלות (בערך של 9% לחברה ג') ואת החכירה להעביר בפטור לחברה ב', תוך קיום המצווה של החוק לאחר תיקונו ,של העברת כל זכויותיו בנכס, כך שלא נותרו בידיו כל זכויות בנכס לאחר ההעברה לפי סעיף 104א לפקודה, כנדרש בחוק. כל שנדרש המעביר הינו להעביר לחברה ג' קודם את הבעלות, ורק אח"כ את כל יתרת הזכויות שנותרו בידיו לפי סעיף 104א לחברה ב'.
תנאי שני לפטור בהעברת מקרקעין לפי סעיף 104א הינו החזקת המניות בידי המעביר והחזקת המקרקעין בבעלות התאגיד הנעבר משך שנתיים לפחות.
גם כאן קיימות הנחות וחריגים למשך ההחזקה, וסיבות שונות מאפשרות דילול כמו מכירה של 10%, ירידה ב-20% והקצאה לציבור של 50% במניות, שכולן אינן פוגמות בפטור. עם זאת ראוי לציין, כי המגבלה של שנתיים הקפאה הקיימת בסעיפי 104 השונים (רה-ארגון במס הכנסה) איננה קיימת בהעברה לפי סעיף 70 לפקודה. אמנם על פי סעיף 70, אם פלוני יעביר מקרקעין בפטור וימכור אח"כ את מניות החברה, תיתכן הטענה לעיסקה מלאכותית (סילבן שטרית). זאת, הגם שזכות פלוני ל"תכנון מס" דרך הקמת חברה למטרות חסכון מס הוכרה כזכות יסוד (אניעם, כרדוש), אך חריגים בנושא קובעים, כי שימוש במסך תאגיד בצורה קיצונית להפחתת מס מהווים עילה להרמת מסך (גרינברג). נציין עם זאת, כי שימוש בתאגיד לצרכי חסכון ביטוח לאומי, העומד כיום במאות או אלפי מקרים על הפרק, בא להערכתנו בגדר הילכות אניעם וכרדוש ולא בגדר הילכות סילבן שיטרית וגרינברג.
כמו כן נקבע בחוק, כי אם הנכס שהועבר לפי סעיף 104א הינו קרקע, הרי אז התנאי לפטור בהעברה הינה, כי נעשתה בנייה על אותה קרקע, שהועברה בתוך 4 שנים ממועד ההעברה, והבנייה היא לפי תנאים שקבע הנציב.
כן ראוי לדעת, כי כיום, מכוח תיקון 132 לפקודה, גם אם הפך האיגוד לאיגוד מקרקעין, חל הפטור לפי סעיף 104א, בניגוד למצב עד ל-1.1.02. ראוי לזכור עוד, כי העברת מקרקעין לאיגוד על פי סעיף 70 לחוק מיסוי מקרקעין תהיה פטורה ממס רק אם האיגוד הינו איגוד מקרקעין מיד לאחר ההעברה. תנאי שאינו קיים בפטור להעברת מקרקעין מאיגוד לבעלי מניותיו בפרוק איגוד לפי סעיף 71, ומאז 1.1.02 לא קיים גם בפטור לפי סעיף 104א.
יש לזכור בהקשר זה, שהעברת קרקע לחברה ע"י אדם פרטי לפי סעיף 70 לחוק מיסוי מקרקעין, מאפשרת כיום הקצאה מיידית לבעל מניות חדש (הוא הקבלן), שלא משלם כסף במישרין או בעקיפין לבעל המניות הפרטי (בעל הקרקע), אלא מעביר את כל ההון העצמי תמורת המניות (או ערבות לבנק) למטרות קידום עסקי החברה. זהו תכנון מס מוביל בעסקאות קומבינציה מהדפוס החדש.
לענין סעיף 104א והתנאי של בנייה תוך 4 שנים, הנציב קבע, כי קרקע כוללת גם שטח המבונה פחות מ-30% מזכויות הבנייה המותרות, בניין שהועבר לחברה ונהרס אח"כ (סמוך להעברה) וזכויות באיגוד מקרקעין שהועברו לפי סעיף 104א, אם באיגוד יש מקרקעין בלבד.
הדבר מאפשר תכנוני מס מרובים, לדוגמא העברת שטח חקלאי לאיגוד, אם עליו בנוי בניין חקלאי המהווה 100% (או מעבר לכך) מזכויות הבנייה, מהווה נכס שאיננו מקרקעין לפי ההגדרה, וכך גם ביחס לאיגוד מקרקעין בו מצוי ולו נכס נוסף שאיננו מקרקעין. השלמת בנייה תוך 4 שנים לפי קביעת הנציב, צריכה להיות בעת טופס 4 (מועד חיבור לחשמל, חיבור טלפון או חיבור למים, לפי סעיף 265 לחוק התכנון והבנייה), או במועד בו היה ראוי הבניין לשימוש (לדוגמא עם גרנטור), לפי המוקדם מבין שני המועדים.