נגידת בנק ישראל התשיעית. פלוג החלה את דרכה בבנק ישראל ב-1988 במחלקת המחקר, לאחר שארבע שנים לפני כן הצטרפה ככלכלנית לקרן המטבע הבינלאומית. במסגרת עבודתה עסקה בנושאי מקרו-כלכלה ושוק העבודה בהם סוגיית שכר המינימום, קליטת העלייה והעוני. בין 1994-1996 עבדה בבנק האינטר-אמריקאי לפיתוח ככלכלנית מחקר בכירה. ב-1997, שבה לבנק ישראל ומונתה לסגנית מנהל מחלקת המחקר. בשנת 2001 מונתה למנהלת מחלקת המחקר ולחברת הנהלת בנק ישראל.
ביולי 2011 מונתה פלוג לתפקיד המשנה לנגיד בנק ישראל. בתחילת יולי 2013, בעקבות פרישתו של סטנלי פישר מתפקיד נגיד בנק ישראל, מונתה לממלאת מקום הנגיד. שמה הועלה כמועמדת לתפקיד בהזדמנויות שונות על ידי שר האוצר לפיד, אלא שהדבר נדחה על ידי ראש הממשלה נתניהו שטען כי הוא אינו מסכים עם מדיניותה הכלכלית. עם הפרסומים בדבר בחירתו של ליאו ליידרמן לתפקיד זה, הודיעה פלוג על כוונתה לפרוש מהבנק.
באוקטובר 2013 החליטו נתניהו ולפיד למנות את פלוג לנגידה קבועה, לאחר 112 ימים בהם התנהל בנק ישראל ללא נגיד.