מיסוי ירוק (באנגלית – Eco Tax) מוכר גם בשם מיסוי סביבתי או מיסוי אקולוגי. מטרתה של שיטת מיסוי זו היא לעודד יוזמות אקולוגיות בנות-קיימא באמצעות תמריצים כלכליים.
מס ירוק יכול להתבטא בהטלת מס נוסף על ייצור או שימוש במוצרים מבוססי משאבים מתכלים ומזהמים, או לחלופין, במתן הטבות מס לייצור ושימוש במוצרים ברי-קיימא. באירופה וסין, לדוגמה, מוטל מס על שימוש ברכב מזהם במרכזי הערים.
בישראל בא המיסוי הירוק לידי ביטוי במס רכישה מוזל לרכב, שנקבע החל ב-2009: מס בשיעור של 10% על רכב חשמלי נטען, 20% על רכב היברידי-נטען ו-30% על רכב היברידי – לעומת מס רכישה של 83% על רכב המונע בבנזין או דיזל. בנוסף נקבע בישראל מדד זיהום אוויר לכל כלי רכב, המתבסס על מדד WLTP ( Worldwide Harmonised Light Vehicles Test Procedure), הקובע באיזו הטבת מס יזכה רכב ביחס למס הבסיס.
בנוסף למס רכישה מוזל, בישראל קיימת גם הטבה בשווי השימוש לרכב צמוד "ירוק". שווי השימוש ברכב הניתן ממקום העבודה מחושב כחלק מהשכר, כאשר במקרה של כלי רכב חשמליים והיברידיים שווי השימוש מופחת בסכומים של 500 עד 1,000 שקל לחודש, נכון ל-2020.
באפריל 2019 הוחלט על שינוי שיטת החישוב של המיסוי הירוק, כאשר המטרה היא להשוות את המס על חלק ניכר מכלי הרכב "ירוקים" לזה המוטל על כלי רכב רגילים, עד 2024. כבר ב-2020 עולה שיעור המס: 45% על רכב היברידי ו-25% על רכב היברידי-נטען, לעומת 30% ו-20% בהתאמה, בשנת 2019. מס הרכישה על רכב חשמלי מלא יישאר בגובה 10% עד 2022 ויועלה בהדרגה ל-35% עד שנת 2024. בנוסף, הודיעו במשרד האוצר על כוונה לצמצם גם את הטבת שווי השימוש ברכב ירוק.